Der argentinische Weltmeister erzielte in der MLS beim 4:1 über den von Sandro Schwarz trainierten Vorjahresfinalisten den Endstand. Zuvor hatten Fafà Picault, Marcelo Weigandt und Luis Suarez getroffen.
Für New York war der frühere Bayern-Stürmer Eric Maxim Choupo-Moting erfolgreich.
Für Messi (37) war es das vierte Saisontor im neunten Ligaspiel. Miami ist nun Vierter der Eastern Conference. Zuletzt war das Team im Halbfinale des CONCACAF Champions Cup gegen die Vancouver Whitecaps nach zwei Niederlagen ausgeschieden.
Zwischen den beiden Partien verlor Miami auch erstmals in der MLS, Messi blieb dabei jeweils ohne Tor.